Meggen liegt zwischen dem Vierwaldstättersee und dem Meggerberg. Im Osten grenzt der Ort an den Kanton Schwyz. Der südwestlich-nordöstlich verlaufende Meggerberg ist nahe dem Grat vom Meggerwald bedeckt. Am unteren Hang und am See gibt es keine Waldflächen. Der Ort besteht aus etlichen Quartieren, die früher separate Weiler waren. Im Westen der Gemeinde sind die wichtigsten die Flossenmatt, die Krusenweid und Lerchenbühl am Seeufer. Darüber am Hang liegen Ebnet, Hochrüti und Schönau. Die wichtigsten Quartiere im Dorfzentrum sind Schwerzi, Eiholz, Kreuz und Käppeli. Im Osten des Orts liegen Grosshusmatt und Letten am See sowie Höfli, Neuhof und Tschädigen am Südhang des Meggerbergs.

Der höchste Punkt der Gemeinde befindet sich bei der Höchstegg nördlich von Tschädigen auf 652 m ü. M., der tiefste am Vierwaldstättersee auf 434 m ü. M. Nordwestlich von Tschädigen liegt das Sumpfgebiet Forenmoos.

Die Gemeindegrenze geht im Osten vom Vierwaldstättersee über die Strichmatt zum Gränzetürli (deutsch: Grenztörchen; 618 m ü. M.). Dort dreht sie Richtung Südwesten und verläuft dem Nordhang des Meggerbergs entlang bis zum Englischen Friedhof. Dort wendet sie sich gegen Süden und stösst zwischen Salzfass (Stadt Luzern) und Siten (Gemeinde Meggen) wieder auf den Vierwaldstättersee.

Vom Gemeindeareal von 1393 ha sind bloss 726 ha Landfläche. Davon wird 47,7 % landwirtschaftlich genutzt. Weitere 28,5 % sind Siedlungsfläche und 23,7 % von Wald bedeckt.

Meggen grenzt an Adligenswil, die Stadt Luzern und an den Ortsteil Merlischachen von Küssnacht.